O Ministério Público do Rio de Janeiro afirmou, em representação enviada à justiça, que Flávio Bolsonaro é lider da organização das 'rachadinhas'  na Alerj. Foram cinco citações como "líder da organização criminosa" instalada em seu gabinete quando ainda era deputado estadual.

Flávio Bolsonaro e Fabrício Queiroz estão no centro das investigações do MP do Rio sobre supostos crimes de peculato, organização criminosa e lavagem de dinheiro praticados entre 2007 e 2018, as chamadas 'rachadinhas'. Segundo os promotores, a prática ocorria "de forma reiterada e estruturada".

O caso das rachadinhas veio à tona quando um relatório do Coaf (Conselho de Atividades Financeiras) mostrou que o ex-assessor parlamentar Fabrício Queiroz movimentou cerca de R$ 1,2 milhão em sua conta de maneira "atípica".